Wojskowa Inspekcja Farmaceutyczna jest komórką wewnętrzną Inspektoratu Wojskowej Służby Zdrowia, przeznaczoną do sprawowania nadzoru nad wytwarzaniem i obrotem produktami leczniczymi oraz wyrobami medycznymi w podmiotach leczniczych utworzonych przez Ministra Obrony Narodowej i w jednostkach wojskowych.

Wojskową Inspekcją Farmaceutyczną kieruje Naczelny Inspektor Farmaceutyczny Wojska Polskiego przy pomocy Zastępcy Naczelnego Inspektora Farmaceutycznego, Szefów Zespołów Nadzoru Farmaceutycznego i wojskowych inspektorów farmaceutycznych.

Nadzór nad Naczelnym Inspektorem Farmaceutycznym WP sprawuje szef jednostki organizacyjnej MON właściwej do spraw zdrowia.

Do zadań Wojskowej Inspekcji Farmaceutycznej należy:

- opracowywanie propozycji planu działalności kontrolnej Wojskowej Inspekcji Farmaceutycznej Inspektoratu;

- prowadzenie kontroli funkcjonowania aptek zakładowych (szpitalnych) i działów farmacji szpitalnej, kwalifikacji zawodowych zatrudnionego personelu oraz warunków pracy;

- sprawowanie nadzoru nad bezpieczeństwem dostarczanych do podmiotów leczniczych produktów leczniczych i wyrobów medycznych do udzielania świadczeń zdrowotnych;

- nadzorowanie prowadzenia badań klinicznych w podmiotach leczniczych;

- nadzorowanie procedur przyjmowania darowizn produktów leczniczych i wyrobów medycznych przez podmioty lecznicze;

- prowadzenie rejestrów oraz baz danych dotyczących działalności Inspekcji wynikających z zapisów obowiązujących aktów prawnych;

- opiniowanie grupy zawodowej farmaceutów związanych z naborem, określaniem stanowisk etatowych, kart opisów stanowisk i wyznaczania osób na stanowiska;

- nadzorowanie warunków przechowywania, zabezpieczenia i dystrybucji zapasów wojennych i bieżących służby zdrowia, stosownie do procedur dobrej praktyki dystrybucyjnej;

- kontrolowanie obrotu środkami odurzającymi, substancjami psychotropowymi i prekursorami grupy I-R* w podmiotach leczniczych i jednostkach wojskowych;

- kontrolowanie obrotu produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi w jednostkach wojskowych Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej realizujących zadania poza granicami kraju;

- prowadzenie i nadzorowanie postępowań zabezpieczających środków odurzających i psychotropowych przeznaczonych do unieszkodliwienia oraz przestrzegania procedur unieszkodliwienia odpadów niebezpiecznych;

- sprawowanie nadzoru nad obrotem produktami leczniczymi kontrolowanymi w jednostkach wojskowych czasowo lub stale stacjonujących na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej;

- uczestnictwo w szkoleniach, odprawach, konferencjach i sympozjach naukowych, organizowanych przez uczelnie, ośrodki naukowo-badawcze i producentów leków i wyrobów medycznych w celu zachowania prawa wykonywania zawodu i podniesienia wiedzy fachowej;

- kontrolowanie realizacji umów o udzielanie świadczeń zdrowotnych dla żołnierzy w zakresie prawidłowości wydawania leków i wyrobów medycznych oraz zasad wystawiania recept.

Jako organ II instancji w rozumieniu Kodeksu Postępowania Administracyjnego, Wojskowa Inspekcja Farmaceutyczna wydaje decyzje w zakresie: 

- wstrzymania  w obrocie lub stosowaniu produktów leczniczych i wyrobów medycznych w przypadku podejrzenia lub stwierdzenia, że dany produkt lub wyrób nie odpowiada ustalonym dla niego wymaganiom jakościowym lub w przypadku podejrzenia lub stwierdzenia, że stosowanie danego produktu wywołuje ciężkie niepożądane działanie;

- wstrzymania w podmiotach leczniczych lub jednostkach wojskowych obrotu produktami leczniczymi lub wyrobami medycznymi, którymi obrót jest niedozwolony;

- dopuszczenie wstrzymanego produktu leczniczego lub wyrobu medycznego do ponownego obrotu;

- zezwolenia na wwóz lub wywóz środków odurzających i psychotropowych poza granice kraju;

- zezwolenia na zakup i posiadanie środków odurzających lub psychotropowych w celach medycznych lub uzupełnienia zapasów;

- skierowania produktu leczniczego dopuszczonego do obrotu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej oraz leku recepturowego lub aptecznego do badań jakościowych.

Wojskowa Inspekcja Farmaceutyczna w zakresie swoich kompetencji współpracuje z:

- konsultantami wojskowej służby zdrowia w zakresie wprowadzania do jednostek resortu obrony narodowej osiągnięć współczesnej farmacji i medycyny;

- głównym i wojewódzkimi inspektorami farmaceutycznymi oraz samorządem aptekarskim w zakresie podnoszenia kwalifikacji zawodowych farmaceutów, działalności kontrolnej oraz wymiany doświadczeń i informacji;

- organami wojskowej i cywilnej inspekcji sanitarnej i weterynaryjnej w zakresie obrotu produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi;

- szefami i dyrektorami instytucji ubezpieczenia zdrowotnego w zakresie kontroli ordynacji i refundacji leków dla pacjentów z uprawnieniami PO/IW/IB;

- organizacjami oraz instytucjami naukowymi i zawodowymi, reprezentującymi wojskową służbę zdrowia w pracach Sekcji Wojskowej Międzynarodowej Federacji Farmaceutycznej (FIP).

* Prekursory grupy I-R: każda substancja pochodzenia naturalnego lub syntetycznego, która może być przetworzona na środek odurzający lub substancję psychotropową albo może służyć do ich wytworzenia i została umieszczona w odpowiednim wykazie prekursorów I-R.